Budowę szpitala rozpoczęto w 1905 r., a rok później obiekt był już gotowy.
Szpital dysponował wówczas 92 łóżkami i miał cztery oddziały: chirurgiczny, wewnętrzny, położniczy i zakaźny. W latach 1933 – 1934 szpital rozbudowywano,czego efektem było 40 łóżek zakaźnych i 20 na potrzeby gruźlicy. W latach 1936-1939 dobudowano piętrowy budynek administracyjno-gospodarczy.
W 1938 r. szpital przybiera nazwę Szpitala Powszechnego. Jest administrowany i finansowany przez władze powiatowe. W 1939 r. było w nim 180 łóżek przy rocznym średnim obłożeniu 133 łóżek. Podczas okupacji lekarze szpitala nieśli pomoc ofiarom wojny, żołnierzom, oficerom, członkom ruchu oporu.
Pod koniec lata 1949 r. szpital stał się jednostką budżetową i zmienił nazwę na Szpital Miejski, a w roku 1953 otrzymał imię Jędrzeja Śniadeckiego. Wskutek przeprowadzonej modernizacji szpital posiadał 7 oddziałów: ginekologiczno – położniczy, noworodków, pediatryczny, chorób wewnętrznych, laryngologicznych, zakaźny i gruźliczy oraz chirurgiczny. Po przekazaniu przez władze miasta zabytkowego dworku w Dąbrowie koło Nowego Sącza, który zaadaptowano dla potrzeb oddziału gruźliczego, szpital dysponował w 1950 r. 278 łóżkami. Rozpoczęta w tym samym roku rozbudowa skrzydła szpitala wzdłuż budynku głównego pozwoliła uzyskać 170 dodatkowych łóżek, powstał również budynek administracyjny, którego część wykorzystano na pracownie bakteriologiczną.
W kolejnych latach uruchomiono takie oddziały jak: chirurgia urazowa, anestezjologia, urologia, z oddziału zakaźnego wydzielono oddział gruźliczy, oddział chorób wewnętrznych podzielono na dwa oddziały.
W latach 1950 – 1952 szpital otrzymał gospodarstwo rolne w Nowym Sączu, Falkowej oraz w Dąbrowie o powierzchni 47,5 ha, co zapewniło stałe zaopatrzenie w owoce, jarzyny i częściowo w mięso. Rok 1969 zapoczątkował kolejne inwestycje. Powstaje m. in. 5-kondygnacyjne skrzydło budynku głównego oraz wiele pomieszczeń zaplecza szpitalnego, kuchnia, pralnia, kotłownia, centralną tlenownię.
W 1965 r. szpital zatrudniał 32 lekarzy medycyny, 18 stażystów i lekarza dentystę, oraz 60 pielęgniarek. W kolejnych latach liczba osób pracujących systematycznie wzrastała. W roku 1970 zatrudnionych było 36 lekarzy i 123 pielęgniarki, w tym 100 o pełnych kwalifikacjach.
W 1975 r. Szpital Miejski otrzymał status Wojewódzkiego Szpitala Zespolonego oraz pełnił również funkcję Zakładu Opieki Zdrowotnej dla Nowego Sącza, Starego Sącza oraz 11 gmin. Opiekę podstawową sprawowały od 1977 r. trzy miejskie przychodnie, które udzielały również pomocy ludności wiejskiej najbliższych gmin.
W 1976 roku szpital posiadał 12 oddziałów: chorób wewnętrznych, chirurgii ogólnej, chirurgii urazowej, ginekologiczno – położniczy, pediatryczny, noworodków, neurologiczny, laryngologiczny, urologiczny, zakaźny, gruźliczy, intensywnej opieki medycznej, a w kolejnych latach powstał oddział intensywnego nadzoru kardiologicznego, chirurgii dziecięcej oraz stacja dializ z nefrologią. W latach 1976 – 1989 wrosła liczba miejsc o kolejnych 61 łóżek, a oddany do użytku w 1990 r. nowy budynek dla oddziału ginekologiczno – położniczego pozwolił na wzrost ilości miejsc do 689.
W styczniu 1999 r. szpital przemianowano na Samodzielny Publiczny Zakładem Opieki Zdrowotnej im. Jędrzeja Śniadeckiego, którego organem założycielskim jest Województwo Małopolskie jako jednostka samorządu terytorialnego. Placówka posiada drugi poziom referencyjności. W 2002 roku szpital został przyjęty do Krajowej Sieci Szpitali Promujących Zdrowie.
W 2004 r. szpital po raz kolejny zmienił nazwę na Szpital Specjalistyczny im. Jędrzeja Śniadeckiego w Nowym Sączu.