W dn. 29.06.2012 r. została podpisana umowa o dofinansowanie z Ministerstwem Zdrowia w ramach „Narodowego Programu Zwalczania Chorób Nowotworowych” zadania pn: „Poprawa działania systemu radioterapii onkologicznej w Polsce – doposażenie i modernizacja zakładów radioterapii.W ramach umowy zakupiona będzie aparatura dla wyposażenia zakładu radioterapii, który uruchomiony zostanie przy Ośrodku Onkologicznym.Dofinansowanie obejmuje 85% kosztów realizacji zadania, tj. 10 709 092.71 zł
Pozostałe 15% tj. 1 898 840,00zł. Szpital musi pokryć ze środków własnych.W dn. 19 października 2012 r. została zawarta umowa z Województwem Małopolskim na dofinansowanie wkładu własnego Szpitala w ramach realizacji zadania pn.: „Poprawa działania systemu radioterapii onkologicznej w Polsce – Doposażenie i modernizacja zakładów radioterapii w Szpitalu Specjalistycznym im. J. Śniadeckiego w Nowym Sączu” Dofinansowanie wynosi 15% kosztów kwalifikowanych projektu, tj. 1 898 840,00 złW 2013 roku Szpital otrzymał dofinansowanie na zakup pozostałego sprzętu niezbędnego do wyposażenia Zakładu Radioterapii z Ministerstwa Zdrowia oraz z Urzędu Marszałkowskiego Województwa Małopolskiego.
Zakupiony został również drugi przyspieszacz wieloenergetyczny, bez którego niemożliwe było rozpoczęcie działalności.
W kwietniu 2014 r. po uzyskaniu wszelkich niezbędnych decyzji i pozwoleń została podpisana umowa z MOW NFZ na realizację świadczeń w zakresie radioterapii.